إضافة للعدد الكبير من الوكالات المتخصصة في نطاق الأمم المتحدة فإن هناك مجموعة واسعة من الهيئات والمنظمات غير الحكومية المختلفة تعمل في نطاق الأمم المتحدة وفق اختصاص معين لكل منها، وتتولى المنظمة متابعة أعمالها ونشاطاتها وترتبط معها باتفاقيات تعاون وعمل مشترك.

• أهم هذه الهيئات:

1ـ اللجنة الدولية للصليب الأحمر: تأسست عام 1863م بمبادرة سويسرية، تقوم هذه اللجنة بمهمة إنسانية عبر حماية حياة وكرامة ضحايا الحروب والنزاعات والكوارث الطبيعية وتقديم المساعدة لهم في مختلف أنحاء العالم. وقد حازت هذه اللجنة على جائزة نوبل للسلام ثلاث مرات.

2ـ التحالف الدولي من أجل المحكمة الجنائية الدولية: ويضم هذا التحالف 2500 منظمة غير حكومية من كافة دول العالم تعمل هذه المنظمات مع بعضها من أجل تحقيق محاكمات عادلة ونزيهة ومستقلة، ووضع القوانين التي من شأنها أن تؤمن العدالة لضحايا الحروب. وقد تأسست أمانة التحالف عام 1995م عبر مجموعة صغيرة من المنظمات غير الحكومية.

3ـ المنظمة العالمية ضد التعذيب: هي تحالف دولي لمنظمات غير حكومية تأسست عام 1986م  في جنيف بسويسرا، وتعمل في مجال مناهضة التعذيب وأشكال المعاملة القاسية واللاإنسانية.

4ـ مركز حماية حرية الصحفيين: تأسس المركز عام 1998م  ليلعب دور الدفاع عن حريات الإعلام والإعلاميين والتصدي للسياسات والإجراءات التي من شأنها أن تقيد حرية العمل الإعلامي.

5ـ اللجنة العربية لحقوق الإنسان: تأسست هذه اللجنة عام 1998م وهي منظمة غير حكومية تعمل في مجال حماية حقوق الإنسان والحريات وفق المواثيق والتشريعات الدولية  لحقوق الإنسان وخاصة الإعلان العالمي لحقوق الإنسان.

6ـ اللجنة العربية الأميركية ضد التمييز: منظمة غير ربحية مهمتها الدفاع عن حقوق السكان من أصل عربي، تمارس عملها بعيداً عن أي حزبية أو طائفية. وهي أكبر منظمة عربية – أمريكية في الولايات المتحدة الأمريكية.

7ـ لجنة المحامين من أجل حقوق الإنسان: تأسست في تشرين الثاني عام 1997م وهي جمعية غير حكومية هدفها حماية حقوق الإنسان وتعزيزها وفق الاتفاقيات الدولية.

8ـ المحكمة الأوروبية لحقوق الإنسان: تأسست عام 1959م بناءً على الميثاق الأوروبي لحقوق الإنسان، وتضم 47 قاضياً يرتكز عملهم حول حماية حقوق الإنسان وحرياته الأساسية.

9ـ منظمة العفو الدولية: تأسست على يد بيتر بينيسن عام 1961م وتتخذ من لندن مقراً لها، وتركز في عملها على حماية حقوق الإنسان و السجناء خاصة، حيث تعارض المنظمة تطبيق عقوبة الإعدام أو التعذيب وأي شكل من العقوبات غير الإنسانية.

10ـ جمعية الاتحاد الدولي للصليب والهلال الأحمر: تأسست هذه الجمعية عام 1919م، تضم 190 عضواً من جمعيات الصليب الأحمر والهلال الأحمر، ومهمتها الأساسية تنفيذ عمليات الإغاثة ومساعدة الضحايا في الحروب والكوارث، إضافة للقيام بالأعمال التنموية.  

11ـ المنظمة المغربية لحقوق الإنسان: هي جمعية مغربية تم إنشاؤها عام 1989م، تمتاز بكونها منظمة حقوقية غير حكومية غرضها حماية الإنسان والنهوض بحقوقه.

12ـ المجموعة الفلسطينية لمراقبة حقوق الإنسان: تأسست عام 1996م وتركز في عملها على توثيق انتهاكات حقوق الإنسان المرتكبة ضد الفلسطينيين في الضفة الغربية وقطاع غزة والقدس الشرقية.

13ـ المنظمة المصرية لحقوق الإنسان: تأسست عام 1985م وتعمل من أجل تحقيق الاحترام الكامل لحقوق الإنسان والحريات الشخصية، وإصلاح التشريع المصري والممارسات الإدارية.

15ـ مركز الأرض لحقوق الإنسان: تأسس في مصر للدفاع عن حقوق وقضايا الفلاحين المصريين، وحماية بيئة الريف المصري.

16ـ دار الخدمات العمالية والنقابية: مهمتها القيام بأعمال الرصد وكتابة التقارير الشهرية حول انتهاكات الحريات النقابية في مصر، وكانت قد حازت على جائزة الجمهورية الفرنسية لحقوق الإنسان لعام 1999م.

17ـ مركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان: منظمة مستقلة تأسست عام 1993م هدفها دعم واحترام مبادئ حقوق الإنسان والديمقراطية.

18ـ البرنامج العربي لنشطاء حقوق الإنسان: منظمة مستقلة تأسست عام 1997م عقب تعرض عدد كبير من العاملين في مجال حقوق الإنسان - في المنطقة العربية- لشتى أنواع الانتهاكات لحقوقهم وحرياتهم الأساسية.